亀井准教授が京都大学広報誌『紅萠』に紹介されました。

亀井准教授が京都大学広報誌『紅萠』に紹介されました。

http://www.kyoto-u.ac.jp/kurenai/201809/kirameki/kamei.html

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2018年秋号

萌芽のきらめき・結実のとき

未知なる世界へいざなう、小さな救世主

亀井謙一郎
高等研究院物質－細胞統合システム拠点（iCeMS） 准教授

「このあいだ、11歳の一人娘と妻を連れてスキューバダイビングに行きました。3人で潜るのが夢だったんです」。
相手をほっと安心させる雰囲気をまとう亀井謙一郎准教授。
研究対象はサイズこそ小さいが、そのポテンシャルは海にも劣らぬ広大なスケールだ。
2017年にiPS細胞と微細加工技術を融合した新しい生体モデル「ボディ・オン・チップ」の開発に世界ではじめて成功。疾患メカニズムの解明、新規薬剤開発への貢献が期待され、その動向は世界規模で耳目を集めている

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私たちのビデオプロトコールがJoVEにて公開されました！

私たちのビデオプロトコール がJoVEにて公開されました。

この実験は、私たちが2017年にSmallにて発表した論文 に基づいています。

このビデオを参考に、ぜひ私たちの実験をやってみてください！

ABSTRACT

Cellular microenvironments consist of a variety of cues, such as growth factors, extracellular matrices, and intercellular interactions. These cues are well orchestrated and are crucial in regulating cell functions in a living system. Although a number of researchers have attempted to investigate the correlation between environmental factors and desired cellular functions, much remains unknown. This is largely due to the lack of a proper methodology to mimic such environmental cues in vitro, and simultaneously test different environmental cues on cells. Here, we report an integrated platform of microfluidic channels and a nanofiber array, followed by high-content single-cell analysis, to examine stem cell phenotypes altered by distinct environmental factors. To demonstrate the application of this platform, this study focuses on the phenotypes of self-renewing human pluripotent stem cells (hPSCs). Here, we present the preparation procedures for a nanofiber array and the microfluidic structure in the fabrication of a Multiplexed Artificial Cellular MicroEnvironment (MACME) array. Moreover, overall steps of the single-cell profiling, cell staining with multiple fluorescent markers, multiple fluorescence imaging, and statistical analyses, are described.

EDIT

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[発表論文] Journal of Evolutionary Biology

京都大学野生動物センター村山教授、遠藤くんとの共同研究の成果が、Journal of Evolutionary Biologyオンライン版に掲載されました。当サイトの「発表論文」もアップデートしました。

タイトル：Genetic signatures of lipid metabolism evolution in Cetacea since the divergence from terrestrial ancestor

要旨：In mammalian evolutionary history, Cetacea (whales, dolphins, and porpoises) achieved astonishing success by adapting to an aquatic environment. One unique characteristic of cetaceans, contributing to this adaptive success, is efficient lipid utilization. Here we report a comparative genetic analysis of five aquatic and five terrestrial Cetartiodactyla species using 144 genes associated with lipid metabolism. Mutation ratio (dN/dS), amino acid substitution in functional domains, and metabolic pathways were evaluated using branch‐site model in PAML, Pfam, and KEGG, respectively. Our tests detected 20 positively selected genes in Cetacea compared to 11 in Bovidae with little overlap between the lineages. We identified lineage‐specific patterns of amino acid substitutions and functional domains that were mutually exclusive between cetaceans and bovids, supporting divergent evolution of lipid metabolism since the divergence of these taxa from a common ancestor. Moreover, a pathway analysis showed that the identified genes in cetaceans were associated with lipid digestion, lipid storage, and energy producing pathways. This study emphasizes the evolutionary context of lipid metabolism modification of cetaceans and provides a foundation for future studies of elucidating the adapted biological mechanisms of cetacean lipid metabolism and a framework for incorporating ecological context into studies aimed at investigating adaptive evolution.

DOI: 10.1111/jeb.13361

Janmeshさんの送別会！

亀井Gで研究していたJanmeshさんの送別会を行いました！中谷財団の支援で約2ヶ月間滞在し、ボディー・オン・チップ関連の実験を行っていましたが、その間、例年にない暑さ、地震、台風と様々な経験もあったようです。アメリカに帰ってからも、さらなる飛躍を期待しています。